OSの違いやその他の要因で違うからなんともいえないところだが、手元で50MBぐらいの
適当なファイルについて試したところでは

% time cp hoge.log hg
cp hoge.log hg 0.00s user 0.21s system 8% cpu 2.529 total

% time perl -MFile::Copy -e 'copy "hoge.log","hg2"'
perl -MFile::Copy -e 'copy "hoge.log","hg2"' 0.02s user 0.29s system 12% cpu 2.532 total

これだけみるとcpの方がはやいかな?

気になる人は何回も条件変えたりしてやってみると良いよ。