多分聞きたい事って、hoge1.cgiとhoge2.cgi…hoge100.cgiとかあったら
それぞれ頭で同じ事やってるから、all.cgi(index.cgi?)に全て
まとめられないか？って事じゃないのかな？
　my $cgi = CGI->new();
　my $config = init();
　if( $cgi->param('mode')eq'hoge1' ) {
　　require 'hoge1.pl';
　　hoge1::main($config);
　} elsif( $cgi->param('mode')eq'hoge2' ) {
　　require 'hoge2.pl';
　　hoge2::main($config);
…って、感じで。漏れも昔、初心者だった時に同じ事を思った。

答えは、当然all.cgi(index.cgi?)の呼び出しのオーバーヘッドは
全CGIの呼び出し回数倍増えるよ。

そういう事じゃなくて？？