>一方外部公開用のサーバーは複数あります。
>そしてそのうち一つのサーバーでは拡張子htmlでphpが使えません。

中途半端な説明ばかりしているからややこしくなるんだ。
これに尽きるんだろ。

.htaccessが使えるなら.htaccessをトップディレクトリにおいけば良いだけ、
httpd.confが弄れるなら弄れば良いだけ。両方だめなら無理だから諦めろ。
意地でもやるなら拡張子とスクリプトの内容をまとめて書きかえれるような
ソフトを自作して書き換えるしかないだろう。