普段はEUCでコードを書いているのですが、携帯サイトの場合にShift-JIS
にしたところ、PHPの関数ファイルなどがすべて文字化けしました。

こういう用途の場合、どうやって文字化け回避したらよいのでしょうか？
一括で出来る方法を教えて下さい。
（ちなみに、サーバもEUCです）