検索して調べてなんとかSubversionとTortoiseSVNでGUI化して1.11alphaを落としました。
結果は1.10.1の時と同じく== 節 ==で太字にならず、フォントも一つ小さいです。
commonとかmonobook.cssでもだめだし。ファイル入れるところ間違ってるのかな？