仕事でperlやPHPを使ってCGIを作る事があります。

WindowsPCにファイルを置き開発。ApacheとPerl導入済みなのでまずここで動作確認。
↓
テスト用linuxサーバにアップして動作確認。
↓
本稼働サーバへアップ。

を行っているのですが、何個も同時に開発していると混乱してくる。
特にperlファイルだと1行目を変更するのが面倒…
テスト用サーバにファイルそのものを置いてしまい
直接ファイルを編集してしまうという方法で開発している人いますか？

みなさんはどんな方法で効率よく開発しているのですか？
参考までに教えて下さい。