あ、しまった。なんか書き込み時に＆が勝手に変換されちゃってる。
仕方ないので半角＆を全角＆にして書き込んでみます。

$text=　htmlspecialchars('ハートだよ＆#9829;');//文字列全体をエスケープ。＆は実際には半角
$regex = "^＆amp;{1}[0-9]{3,6};$";//＆は実際には半角
preg_replace("/".$regex."/", "&\1", $text);//実体参照文字だけをアンエスケープ