>>653 の問題はパーミッションではなくて、クォートの問題じゃないのか？

'$' の前に¥でescapeしたり、ということで解決するんじゃないか。

それ以前にcgiがcgi を書き換えるという発想はどうなのよ。
動的にプログラムを生成する必要性はそうないんじゃないか。