public_html とそれ以外のシステムファイル（webapp等）の
設置場所なんだけど、
public_html の下に webapp おいても
config.php 適切に設定すれば問題ない？

セキュリティ面ではCGIとして動作させれば問題ないと思うけど、

管理面で、できれば一フォルダにまとめたいんですよね、
公式のような方法だとばらけてしまいますし。
軽く使ってみた感じでは問題なさそうなんだけど、
ヘビーな使い方で問題なくやってる人いたらきぼん