DOCUMENT ROOT以下しか触れないときのファイル配置のお手本ってどっかにないですか?
僕はとりあえず全部DOCUMENTO ROOT直下にそのまま配置して、cakeとかappとかには直接アクセスできないように.htaccessで設定してるんですがそれで十分なのか不安なんですが。
(あとweb_rootが下の階層にあるのがデザイナーさんに気持ち悪がられる)