ttp://php.net/usort
ユーザー関数で比較してソート

例文ちょっと改造して動かしてみたがこれでいけたぽいぞ

$array = array(
　　"みかん(3)",
　　"バナナ(1)",
　　"りんご(2)"
);

function cmp($a, $b)
{
　　preg_match("/\(([0-9]+)\)/", $a, $a);
　　preg_match("/\(([0-9]+)\)/", $b, $b);
　　$a = $a[1];
　　$b = $b[1];
　　if ($a == $b) {
　　　　return 0;
　　}
　　return ($a < $b) ? -1 : 1;
}

usort($array, "cmp");