で、予想だけど、
> $read_1 = file($res_num_dat);//まず、読み込みます。
ここでファイルの中身が読み込めてないと思うよ。
だから常に 0 + 1 になっちゃって結果が 1 なんでしょう。

記事ファイルってentryとかいうディレクトリにあるんでしょ？
読み込み時点ではｃｈｄｉｒしてないしファイルパスにもディレクトリくっついてないし、
書き込みのときだけchdirしてるんだよね。
ファイル名の指定の仕方が読み込み時と書き込み時、親記事とレス記事とで
どれもバラバラの手法を使ってるもんだから非常にバグを出しやすいと思う。
こういうのはちゃんと統一しましょう。
書き込み時にわざわざchdirするのはナンセンスだよ。ファイル名のパス指定で十分。