pear用のディレクトリに関してはもう
php.iniレベルで設定しておいていいし
pear本家でZendネームスペースを使う事もないだろうから
pear用ディレクトリ以下でZend/Zend.phpをsymlinkにしておけば
アプリ側でinclude_path追加するのは
lib/modelくらいで済むんじゃないかね