shutdownコールバックはアボート時も含めて
プログラム終了時に必ず実行する処理を書くためのもので、
並列実行のスレッド処理を書くためのものじゃないだろう…

そもそも最大リクエスト数の制約を受けるApacheプロセスを
10秒も起動しっぱなしにさせてたら困ることが多すぎないか？
10秒もかかるDB更新をリクエスト毎に処理なんて無謀だから
俺だったら処理データをファイルなりローカルDBデータなりにセットしといて
cronで数分〜1時間おきくらいに動かしたバッチに処理させるな。