上から1,2,3・・・って並んでるなら、indexは必要ないだろ
ログファイル例：

10
20
26
30
10

で、十分。あとは、

open fh,$log;
@dat=<fh>;
close fh;
chomp @dat;
$dat[$hoge - 1]++;
open fh,">$log";
print fh join "\n",@dat;
close fh;

で、どうぞ