うちは主にオープンソースでシステムを作ってる会社です
新規開発の4割はPHP、4割がJavaで、残りが.NETやPerlです
すべてインターネット/イントラネット向けのWebアプリ開発です
そんなうちの会社はこんな感じでキャリアアップしていきます

コーダ＋テスタ
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プログラマ
　　　↓
プログラマのリーダ
　　　↓
SE兼プログラマのリーダ → アーキテクト → 技術コンサル
　　　↓　　　　　　　　　　　　　　　　　　↓
専業SE → システム監査部隊　　　　品質保証部隊
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システムコンサル

技術コンサルは特定の分野のスペシャリストなので、PHP依存やJava依存の人がいます
システムコンサルは上流のスペシャリストなので、特定の言語に依存しません
専業SEのあたりで特定言語から切り離した思考を求められます

Webアプリは言語/Frameworkによる絶対的な差異は小さいので、設計分野に入った時点で特定言語への依存度は落ちると思います
ですので、ずっとPHPをやってきた人でもJavaで組むシステムの設計はできますし、逆も可です
特定環境に依存するような要素は技術コンサルやアーキテクトが判断する部分ですし、技術に依存するシステムは技術コンサルがメインになります
たった一人が何もかも受け持つのは不可能なので、開発も設定も普通はこう分業するものではないですか？