>>647　その線でやってみました。　これで今のところ希望する動作をしてます。

$domain = '[\w\-]+\.[\w\-\.]+';
$path = '\/[\w\.\~\-\/\?\&\+\=\:\@\%\;\#\%]+';
s/(http:\/\/|\b)($domain($path)?)/<a href=\"http:\/\/$2\">$2<\/a>/g;