文字コード変換で質問です。

Shift_JISコードのCSVファイルを読み込んで、jcode.pl を使ってJISコードに変換してから
ブラウザに吐き出すCGIプログラム（プログラムはJISコード）を作成中なのですが、

1. CSVを読み込む
2. htmlタグ文字のエスケープ（<>&"'）
3. JISコードに変換
4. 出力

の場合には文字化けは起こらなかったのですが、2. と 3. の処理を逆
（変換してからエスケープ）にすると文字化けしてしまいました。
これは、JISコードの日本語文字中に、htmlタグ文字（<>&"'のどれか）が
含まれているのが原因という認識でいいのでしょうか？
その回避策として、Shift_JISの状態でエスケープをするのは問題ないでしょうか？
（Shift_JIS の場合は「\」が入る文字があるのは認識してますが他にも含まれる文字があればマズイですよね…）

ご教示いただけると幸いです。