>>232
扱うファイルが小さいなら、DBを使うよりも
現在のようにシーケンシャルファイルを扱う方法のままが手軽でいいかも。

その上で、
1. 2次元の表を扱うので2次元配列に読み込む
2. ファイルからの読み込み、ファイルへの書き出しは
　push, join, map 等を使って簡潔に書けるので、その辺りを調べてみる
といいと思う。

my @data;
open(IN, 'data.csv');
for (<IN>) {　　# ファイルサイズが大きいなら while で
　　push(@data, [ split(/,/) ]);
}
close(IN);

$data[79][2] = 'hoge';　　# 80行3列を書き換える
$data[2][4] = 52;　　# 公民の5列目を52に

open(OUT, '> data.csv');
print OUT map { join(',', @{$_}) . "\n" } @data;
close(OUT);

# チェックしてないのでミスありそう

こんな感じはどうでしょう？