んー、なんかイマイチなんで出さなかったのですが、やっぱり一応答えが出る版を書いておきます。

function toruDot($path)
{
　$a=Array();
　foreach(Explode('/',$path) as $nm) {
　　if($nm=='.') continue;
　　if($nm=='..') {
　　　if(Empty($a)) break;
　　　Array_Pop($a);
　　}
　　else {
　　　$a[]=$nm;
　　}
　}
　return Join('/',$a);
}

スッキリしないですよね？
正規表現一発ぽんとかでできるといいなぁ・・・