ClassFactoryからgetManager()するならContollerでのincludeも
$classへの追加も不要でしょ。
多少面倒な気もしてるけど、俺はActionClassで毎回
$hoge_manager =& $this->backend->class_factory->getManager('Hoge');
$hoge_manager->getHogeList();
とかやってる。もしかして間違ってる？