DB_Factoryって自作のクラス?
そこはよくわからんのだけど、単にMDB_QueryToolのインスタンスを返してくれるとして､
MDB_QueryToolのaddWhereは
function addWhere($where , $condition='AND')
{
if ($this->getWhere()) {
$where = $this->getWhere().' '.$condition.' '.$where;
}
$this->setWhere($where);
}
となってるから、
$Tcustomer->addWhere(' point in ( 3,4,5 )');
と書けば上手くいくと思う｡

どうかな?