生 SQL って DB_DataObject::query() 使ってる？
別ライブラリってのがどういうものかわからないけど，

> $t1 = DB_DataObject::factory('hoge');
> $t2 = DB_DataObject::factory('fuga');
> $t1->joinAdd($t2);
> $t1->find();
と
> $t1->query( "SELECT * FROM hoge INNER JOIN fuga ON ( hoge.id = fuga.id )" )
は同値．

前者が複数キーテーブルのせいで実行できなかったとして，
それを後者に置き換えてもそのライブラリの問題ってのが発生するなら，
そもそもその案件に DB_DataObject が使えないってことじゃないかって気がする．