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はい。(cd）でもやりましたし、「ファイル名を指定し実行」もやりましたし、
ダブルクリックでもやりましたが
「Could not open input file: PEAR\go-pear.php.]と出るだけでした。

PHP4のgo-pear.batはダブルクリックするだけで実行されます。