実際問題XOOPSを使わざるを得ないとしたら
どういう対策をすればいいんだろう

protectorでDoSはある程度防げるとして
ハードのスペックを上げる以外でいい方法はないものか

ボトルネックの調査した香具師いない?
PHPがネックだと言った香具師はどういう理由でそう思ったの?