他人の家のワイヤレスをお借りして試してみた（ごめんなさい）のですがやはりバーチャルホストを使ったURLだとcookieが発行されません。
javascriptでも試したのですが同じです。
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin [email protected]
DocumentRoot /home/user/public_html
ServerName user.domain.com
ErrorLog logs/user.domain.com-error_log
TransferLog logs/user.domain.com-access_log
</VirtualHost>
バーチャルホストの設定がいけないのですかね？
スレ違いの質問すみません。