App_Codeにいれることと名前空間をつけることは別だが…
名前空間はつけた方がいいと思うけどな。
といっても俺はExpressじゃないんで、大抵ライブラリにしてしまう。
なので、App_Codeでどんな制約があるのかとか、細かいことは知らん。
※フォルダを名前空間と同様に階層化できるのかとか、そんなこともよく知らない。

さすがに共通的な機能とか、基盤的なところはライブラリにする方がいいんじゃないかとは思うが。