ちと質問お願いします。
さくらインターネット（スタンダード）にjoomla_1_0_3JP_Stableを設置してみました。
動作も特に問題ないようです。

ただhtaccessを実行するとサーバーエラーが起きます。
サーバーのコントロールパネルからPHP.iniの設定のところを見ると
「さくらインターネットのサーバでは、.htaccessにPHP_FlagやPHP_Value
ディレクティブを指定することはできません。」
とあるので恐らくこれのことだと思うのですが、
.htaccessを実行しないことで何か問題はあるのでしょうか？