>>411&413さん

>>一括でってことは拡張子で判断されてるってコトだろ。手動でやれ手動で。

一括でといってもFetchはアップロード時のファイルの種類（「テキストファイル（テキスト）、その他のデータ（生ファイル・Raw data）」）を選べるだけです。
パーミッション設定は拡張子にかかわらず、ファイルを一つ一つ選択して設定します。
Windows系のFTPソフトとはその辺りが異なります。

>>413さん

このサーバには掲示板数種、Movable Type、アクセス解析、箱庭といったゲーム系数種を自力設置したことがあります。

「Software error:」〜「BEGIN not safe after...」の間にはなんのテキストも表示されていませんでした。412に書きだした物が全てです。

質問をいただいて改めてPerlのバージョンを確認したら5.005でした。
それで、もしかしてバージョンが低くてエラーが出るのか？　と、他にサーバを借りて一行目のパスだけを書き換えたものをアップしてみたらあっさりと設置できてしまいました。

Perlのバージョンが古いだけでエラーが出ると話には聞いたことがあったのですが自分が遭遇したのが初めてだったので思い至りませんでした。
指摘をありがとうございました。