ちと、ここで聞いていいものかどうかわかりませんが、
サーバーのどこかのディレクトリに山ほど（１０００個単位で）
ファイルを置くのはまずいでしょうか？
２ｃｈなんかはdatが数百個同じフォルダに収まっているので
１０００個くらいまでは問題なさそうですが…
無駄にサーバーに負担がかかったりしないか心配です。