レスありがとうございます。
やはり使うべきなんですね…。

>wモード、つまり>に於いては自動で最初にtruncate(FL, 0); される
>flockする時はwモードを使ってはいけない
いつもPerlメモに載ってる排他制御を使ってるんですが、flock使うときは気をつけます。
考えてみたら+の付くopenは使ったことなかったかも、ほんとたまたまだったのか…汗

>たまたまファイルサイズが減らないファイルだったからだよ。
ログファイルから一行削除とかもやってたんですが。
やばいやばい。早速見直してみます（焦