話の流れがよく分からない…。

サーバから渡すクッキーはレスポンスにヘッダとして
出力しないとダメだから、HTMLより先に出力する。

1.クッキーを作って出力。
2.HTMLを作って出力。

1.と2.を同時にこなす必要はないし、
間に別の処理を挟んでも構わないという話じゃないの？