apacheの場合、特定の拡張子の時にサーバ内で特定の動作をさせるため仕組みがあって、
mod_mimeモジュールがこの役割を果たす。
ttp://httpd.apache.org/docs-2.0/ja/mod/mod_mime.html

PHPのマニュアルのインストールの項目に書かれている、
AddType application/x-httpd-php .php
ってのは、このmod_mimeの中の設定(ディレクティブ)の1つで、
phpという拡張子の時に特定の動作をさせることを示しているわけだ。
で、こいつの書式を上のURLから参照してみると、
AddType MIME-type extension [extension] ... となっとる。
どこに書けばいいかも書いてあるな。
サーバ設定ファイル, バーチャルホスト, ディレクトリ, .htaccess に書けることになる。