PHP5 以降は確か PECL に移動して PHP5 のソースには含まれなくなったはず。
PDFlib-lite-6.0.0p1 をインストールした後、

http://pecl.php.net/package/pdflib

から pdflib-2.0.2.tgz をダウンロードしてきて、

$ phpize
$ ./configure
$ make
$ make install

して、インストールに成功したら、dl("pdf.so") で呼び出すか、php.ini に
PHP 起動時に読み込まれるように設定する。

もしかすると、こんな手間を掛けなくても、

$ pear install pdflib

だけでも自動的にインストールされるかもしれない。