スキンの編集のしやすさはWordpressのほうがNucleusより遥かに上だと思う。
スパム関連は対応プラグインがたくさんあるから、それで何とかなるのでは。
WordpressがNucleusに劣っているのは、複数blogが作れないことぐらいかな。
Nucleusの複数blogは個人的にいまいちな感じだったけど。

あと自分はecto使っているので、ectoで拡張エントリを使えないNucleusは論外だった。
(Nucleus側のXMLRPCのバグらしいけど、もう直ったんだろうか）