> 俺がハマってるところはバージョンの違いに関係ありますか

そりゃPHP5準拠で書かれたスクリプトがPHP4で動かない可能性は高いでしょ。
なんの問題もなく動いたらむしろ何じゃそらって思うよ。
しかし、上の例だと & で参照を明示する4向けのスクリプトは変更なしで5でも動く。

そういうわけで、バージョンによる互換性のなさに嵌ったというよりは、
単に、PHP4じゃ動かないスクリプトを書いちゃいましたってことじゃないかな。
少なくとも、

> PHP4 でオブジェクト指向のプログラムを書くと、PHP5に移行したとき書き直しが必至

PHP4で書いたからPHP5じゃ動きませんでしたっていう事例ではないと思う。