>>133です。
突っ込もうとしているﾛｸﾞのﾃﾞｰﾀが配列内に無かった場合のみ、という判定方法で正常に動作しました。
ありがとうございました。

$word =~ s/\x81\x40/\t/g;
@words = split (/\t/, $word);
foreach $temp (@line) {
　$temp =~ s/\s*$//;
　@data = split (/\t/, $temp);
　if (index ($data[1] . $data[2] . $data[6], $words[$_]) > -1) {
　　if (!grep $temp eq $_, @new) {
　　　push (@new, $temp);
　　}
　}
}