某スクリプト書く時に実験してみたことがあるけど。

perlを使う限り、ファイルを細分化する意味はあまり無いです。
パッケージ化して可読性を高める利点よりも、オーバーヘッドの方が大きい。
mod_perlしてメモリ空間に配置しても１ファイルのほうが速い。
perlのベースがオブジェクト指向をあまり意識していないみたいだし、逐次コンパイル型な
言語なのでCとかよりもオーバーヘッドが大きくなっているんじゃないかな。

perlの場合、純粋にorderを減らすのが高速化への近道なので、なるべく変数を使いまわして
無駄な再読処理が発生しにくいように作りこめば、そこそこイケますよ。多分。

私はプログラムとかぜんぜんわからん初心者なので、的外れもいいとこかも知れないけれどもね。