なんかクッキーの読みこみ後に=以前を切るの忘れてた。
修正も兼ねてもっと簡単に。
if ( $ENV{'HTTP_COOKIE'} eq "hogehoge" ) {$c1 = "checked";}
elsif(〜){$c2 = "checked";}else{〜}
それで
<INPUT name="color" type="radio" value="#758CEA" $c1>
<INPUT name="color" type="radio" value="#758CEA" $c2>
でいいね。