htmlがShift-JISに設定してあって
FormからpostでUTF-8の日本語ファイルを選択(ここまでは正常)してsubmitすると$_FILEで取得した日本語ファイル名が空白(NUL)になってしまいます。

なんででしょーか?　$_POSTを試してみます。