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俺もperlをちょこっといじって遊んでるくらいの人間なんで、あんま自信ないけど・・・

　if ($deny[0]) {
　　local($flag)=0;
　　foreach (@deny) {
　　#↓これは、@denyから取り出した内容（$_）が空（''）だったらループ抜け、だと思
　　　if ($_ eq '') { last; }
　　　$_ =~ s/\*/\.\*/g;
　　　if ($host =~ /$_/) { $flag=1; last; }
　　　#↑アクセスした人のホスト（$host）に@denyから取り出した内容（$_）が
　　　#↑含まれていたら$flagの値を1にしてループを抜ける
　　　#↑つまり「$flag==1なら拒否」
　　　#　これを「$flag==1なら許可」に変えたい → 言い換えると「$flag=!1なら拒否」
　　}
　　if ($flag=!1) { &error("許可されていないアクセスです！") }
　　#↑ということでここをこう変更すればいけるんでは？
　}

ただ「特定のIPからの制限」なら、$hostじゃなくて$addrにするべきなんじゃ？って気がするけど