$data = "sub aaa{\n1\n2\n}\n\nsub bbb{\n3\n}\n\n\n";

$data=~ s/[\x0A\x0D]=\w+.*?=cut//gs;
$data=~ s/([\s;{}]*)#[^\x0A\x0D]*/$1/g;
$data=~ s/[\x0A\x0D]__(?:END|DATA)__.*//s;
@result= $data=~ /\s+sub\s+([a-zA-Z_]\w*\s*(?:\([^)]*\))?\s*\{(?:[^}]|\{[^}]*\})*\})/g;

print @result;

を実行しても

bbb{
3
}

しか表示できません。