PHPのバージョンとか、スクリプトのcopyrightとかは、
本の後付とか、映画のスタッフロールみたいに
本編とは別のところ(=>backstage)においておきたいね。
っていう主張だと思うよん。
スクリプト作者さんに受け入れてもらえるかはわからないけど。

一応、出力までGPL(著作権)の効力は及ばないようなので、
出力からコピーライトを削るのは、道義上の問題だと思うけどね。
http://www.fsf.org/licenses/gpl-faq.ja.html#TOCGPLOutput

ま、円満解決が何よりです。