Webアプリケーションの配置ですが
http://fmf.sytes.net/~docs/education/jed31.html
の中にある図の構成じゃないと駄目なんでしょうか？

web.xmlとか他の場所におくことは可能でしょうか？
jspやsrcフォルダの名前を変えたり、場所を変更することって可能でしょうか？