#がコメントなのはいいんですが、phpが#コメントを使えるというのはちゃいます。
あくまで、CGIスクリプトで#をコメントとして使えるにすぎません。

で、#!でphpに渡してしまえばそれ以降はphpに渡されるので、#はコメントとしては認識されません。