みなさん色々ありがとうございます。
とりあえずSQL投げてUPDATEかけたらうまくいったので、これでよしとします。
動いたものを一応はっておきます。(WO5.2用)
なんか余計なもんがついてるとか、こうしたほうがいいってのがあったら
お教え下さい。

EOModel aModel = EOModelGroup.defaultGroup().modelNamed("モデルファイル名");
EOAdaptor aAdaptor = (EOAdaptor)EOAdaptor.adaptorWithModel(aModel);
EOAdaptorContext aContext = aAdaptor.createAdaptorContext();
EOAdaptorChannel aChannel = aContext.createAdaptorChannel();

EODatabaseContext dbContext = EOUtilities.databaseContextForModelNamed(ec,"モデルファイル名");
EOSQLExpressionFactory afactory = new EOSQLExpressionFactory(aAdaptor);
EOSQLExpression expression = afactory.expressionForString("実行したいSQL");

aChannel.openChannel();
aChannel.evaluateExpression(expression);