open(FILEA,"/var/tmp/a");
open(FILEB,"/var/tmp/b");
while ($linea=<FILEA>) {
while ($lineb=<FILEB>){
if ( $linea eq $lineb ){
処理・・・
}
}

見たいな事ってできないんでしょうか？
上記のコードだと　FILEAのループが
1行分で終了してしまうのですが・・