userconfig.xml は、conf/userconfig.xml を入れ替えても良いが､
font metric file と同じ場所に置いておいたほうが使いやすいかも。
fop 単独でコマンドラインから使うときは、
-c D:\fopfonts\msgothic.ttc.xml のパラメータを忘れずにつける。

cocoon で使うときは､自分の　sitemap に次のように入れる。
3) sitemap のFOPSerializer　に、user-config 追加
%TOMCAT_HOME%\webapps\cocoon\sitemap.xmapの182行目あたりを次のように変更する
変更前:
<map:serializer mime-type="application/pdf" name="fo2pdf"
src="org.apache.cocoon.serialization.FOPSerializer"/>

変更後:
<map:serializer name="fo2pdf"
src="org.apache.cocoon.serialization.FOPSerializer"
mime-type="application/pdf">
<user-config src="D:/fopfonts/userconfig.xml"/>
</map:serializer>