foreach $pair (@pairs){
 ($key,$value) = split(/=/,$pair);
 $value =~ tr/+/ /;
 $value =~ s/%([a-fA-F0-9][a-fA-F0-9])/pack("C", hex($1))/eg;
 $value =~ s/"/"/g;
 $value =~ s/</</g;
 $value =~ s/>/>/g;
 $value =~ s/\r\n|\r|\n//g;
 $value =~ s/\,/,/g;

 if($key eq "チェックボックスのname"){
   push(@checkbox_name,$value);
 }else{
   $FORM{$key} = $value;
 }
}
こうだったっけな、とにかくそれだけは取得する時にnameを見て別の配列に入れればよかったんだと思う。