なにぶん昨日までCGI？何それ？状態だったのでおかしな質問かもしれませんがお願いします。

自宅のwindowsのcygwinのgccでコンパイルしたcgiのexeファイルを
そのままサーバーにuploadしたらcgi内部エラー(500?)で実行できなかったのですが，
サーバーと同じ環境(サーバーはlinuxです)でコンパイルしないとダメなのでしょうか？
gccのオプションで設定できないのでしょうか？
AnHTTPdで自分のPC内鯖では実行できました。